组织,是介于细胞和器官之间的中间体,也是生命科学研究的经典材料。无论是克隆、定量PCR,还是测序,从组织样品中提取核酸都是绕不过去的一步。试剂盒当然是个好选择,因为它们既方便,又省时。通常来说,试剂盒中包含了组织匀浆和细胞裂解的缓冲液,以及从裂解液中提取和收集DNA或RNA的工具。
同样大小的组织样品,在细胞数量上可能差别很大,这要取决于年限、器官以及来源的物种。试剂盒的说明书中通常都有建议用量。需要注意的是,肝脏和脾脏是转录非常活跃的器官。对于来源于这些器官的组织样品,其蛋白质和RNA含量都很高。因此,在制备基因组DNA时,只使用标准用量的75-85%就够了。
此外,骨骼肌中的收缩蛋白、心脏中的结缔组织,以及皮肤中的胶原,都让核酸提取的难度升级。植物样品往往也很棘手。有些代谢物的化学性质与核酸类似,这使得它们难以去除。凑热闹的代谢物(如多糖、多酚和黄酮)以及纯化过程中引入的污染物(如盐或酚)会抑制酶促反应,或干扰凝胶迁移。
裂解组织样品是释放核酸的第一步。对于那些坚硬、耐磨和难以处理的样品,之前还需要增加一步组织破碎。MP Bio的FastPrep-24™ 5G样品制备系统就能胜任这样的工作。它通过剧烈搅拌管内的裂解介质(如硅珠、玻璃珠或陶瓷珠)和样品,来破坏微生物、动物或植物的组织。作为MP Bio的第五代产品,它首次使用触摸屏界面,操作更为简便直观;同时动力增强,处理样品更加快速。针对不同的样品,MP Bio有16种裂解介质可供你灵活选择。
裂解之后,粗制的DNA产物必须经过纯化,以去除裂解过程中使用的去污剂、蛋白质、盐和试剂。大多数试剂盒都利用了硅胶与DNA或RNA结合的能力。试剂盒中要么使用硅胶膜离心柱,要么使用硅包被的磁珠。对于前者,硅包被的膜嵌在离心柱中。裂解液穿过硅胶膜时,核酸与膜结合。之后添加水或缓冲液可释放核酸。对于后者,包被硅的磁珠收集核酸,之后利用磁性可将其分离。
离心柱方便易用,是低通量实验室的首选。各个厂家也都提供此类产品。对于那些一次处理大量样品的实验室,基于磁珠的提取试剂盒则是更理想的选择。硅包被的磁珠与裂解液混合,释放到溶液中的核酸与磁珠结合,之后通过磁性将复合物从裂解液中拉出。添加水或缓冲液,可从磁珠上释放核酸。此过程非常快速,需要付出的劳动很少,因为磁铁已经做了大部分的工作。
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